Excel templ: Protocols: Difference between revisions

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Tag: Blanking
 
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This page was created to provide a list and details about DatLab protocols for analysis of mitochondrial respiration.
===Data for Excel template===
{| class="wikitable"
! Protocol name
! DLP#
! Step 1
! Step 2
! Step 3
! Step 4
! Step 5
! Step 6
! Step 7
! Step 8
! Step 9
! Step 10
! Step 11
! Step 12
! Step 13
! Step 14
! Step 15
! Step 16
! Step 17
! Step 18
! Step 19
! Step 20
! # of steps
! State 1
! State 2
! State 3
! State 4
! State 5
! State 6
! State 7
! State 8
! State 9
! State 10
! State 11
! State 12
! State 13
! State 14
! State 15
! State 16
! State 17
! State 18
! State 19
! State 20
! Reference step
! Reference Mark
! Baseline step
! Baseline Mark
! Short name
! Notes
! Descriptions
|-
| SUIT-001_O2_mt_D001
| D001
| ''1mt''
| ''1PM''
| ''2D''
| 2c
| 3U
| 4G
| 5S
| 6Oct
| 7Rot
| 8Gp
| 9Ama
| 10AsTm
| 11Azd
|
|
|
|
|
|
|
| 13
| ROX
| N_''L''
| N_''P''
| N_''P''
| N_''E''
| N_E
| NS_E
| FNS_E
| S_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
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|
|
|
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| 9Ama
| RP1_mt
| Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D001}}
|-
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| D002
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| 1PM
| 2D
| 2c
| 3U
| 4G
| 5S
| 6Oct
| 7Rot
| 8Gp
| 9Ama
| 10AsTm
| 11Azd
|
|
|
|
|
|
|
| 13
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_E
| N_E
| NS_E
| FNS_E
| S_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
| 7
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| 11
| 9Ama
| RP1_pfi
| Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D002}}
|-
| SUIT-001_O2_ce-pce_D003
| D003
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3U
| 4G
| 5S
| 6Oct
| 7Rot
| 8Gp
| 9Ama
| 10AsTm
| 11Azd
|
|
|
|
|
|
| 14
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_E
| N_E
| NS_E
| FNS_E
| S_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
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| 5S
| 12
| 9Ama
| RP1_pce
| Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D003}}
|-
| SUIT-001_O2_PBMC-PLT_D004
| D004
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3U
| 4G
| 5S
| (6Oct)
| 7Rot
| 8Gp
| 9Ama
| 10AsTm
| 11Azd
|
|
|
|
|
|
| 14
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_E
| N_E
| NS_E
|
| S_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
| 8
| 5S
| 12
| 9Ama
| RP1_PBMC-PLT
| Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D004}}
|-
| SUIT-002_O2_mt_D005
| D005
| 1mt
| 1D
| 2M.1
| 3Oct
| 3c
| 4M2
| 5P
| 6G
| 7S
| 8Gp
| 9U
| 10Rot
| 11Ama
| 12AsTm
| 13Azd
|
|
|
|
|
| 15
| ROX
| ROX
|
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| F_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
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| FNSGp_P
| FNSGp_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
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| 9U
| 13
| 11Ama
| RP2_mt
| A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
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|-
| SUIT-002_O2_pfi_D006
| D006
| 1pfi
| 1D
| 2M.1
| 3Oct
| 3c
| 4M2
| 5P
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| 7S
| 8Gp
| 9U
| 10Rot
| 11Ama
| 12AsTm
| 13Azd
|
|
|
|
|
| 15
| ROX
| ROX
|
| F_P
| F_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FNS_P
| FNSGp_P
| FNSGp_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
| 11
| 9U
| 13
| 11Ama
| RP2_pfi
| A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D006}}
|-
| SUIT-002_O2_ce-pce_D007
| D007
| ce1
| 1Dig
| 1D
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| 3Oct
| 3c
| 4M2
| 5P
| 6G
| 7S
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| 11Ama
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|
|
|
|
| 16
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| ROX
| ROX
|
| F_P
| F_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FNS_P
| FNSGp_P
| FNSGp_E
| SGp_E
| ROX
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| ROX
|
|
|
|
| 12
| 9U
| 14
| 11Ama
| RP2_pce
| A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D007}}
|-
| SUIT-002_O2_ce-pce-PBMC-PLT_D007a
| D007a
| ce1
| 1Dig
| 1D
| 2M.1
| 3Oct
| 3c
| 4M2
| 5P
| 6G
| 7S
| 8Gp
| 9U
| 10Rot
| 11Ama
| 12AsTm
| 13Azd
|
|
|
|
| 16
| ce_R
| ROX
| ROX
|
| F_P
| F_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FNS_P
| FNSGp_P
| FNSGp_E
| SGp_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
| 12
| 9U
| 14
| 11Ama
| RP2_PBMC-PLT
| A: Doerrier 2018 Methods Mol Biol
| {{Template:SUIT text D007a}}
|-
| SUIT-010_O2_ce-pce_D008
| D008
| ce1
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
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| ROX
| ceS_L
| ceS_P
| S_P
| S_P
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| 1Dig
| 2
| ce2Rot
| Digitonin test
| A: Optimization of digitonin concentration for pce
| {{Template:SUIT text D008}}
|-
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| D009
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| ce2Omy
| ce3U
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
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| ce_L
| ce_E
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 4
| ce4Ama
| CCP-ce
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D009}}
|-
| SUIT-004_O2_pfi_D010
| D010
| 1pfi
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3U
| 4S
| 5Rot
| 6Ama
| 7AsTm
| 8Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 10
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_E
| NS_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 4S
| 8
| 6Ama
| RP1-short
|
| {{Template:SUIT text D010}}
|-
| SUIT-005_O2_pfi_D011
| D011
| 1pfi
| 1OctM
| 2D
| 2c
| 3P
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
| 8AsTm
| 9Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| F(N)_P
| FN_P
| FNS_P
| FNS_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| RP2-short
| A: when malate-anaplerotic activity is zero
| {{Template:SUIT text D011}}
|-
| SUIT-003_O2_ce_D012
| D012
| ce1
| ce2P
| ce2Omy
| ce3U
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| ce5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ce_R
| ce_R
| ce_L
| ce_E
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 6
| ce5Ama
| CCP-ce_+P
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D012}}
|-
| SUIT-003_O2_ce-pce_D013
| D013
| ce1
| ce1P
| ce2Omy
| ce3U
| ce3Glc
| ce3M
| ce4Rot
| ce5S
| 1Dig
| 1U
| 1c
| 2Ama
| 3AsTm
| 4Azd
|
|
|
|
|
|
| 14
| ce_R
| ce_R
| ce_L
| ce_E
| ce_E
| ce_E
| ROX
| ceS_E
| S_E
| S_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 12
| 2Ama
| CCP-ce_+Glc+M+viability+CIV
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D013}}
|-
| SUIT-008_O2_pfi_D014
| D014
| 1pfi
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
| 8AsTm
| 9Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| NS_P
| NS_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
| {{Template:SUIT text D014}}
|-
| SUIT-009_O2_mt_D015
| D015
| 1mt
| 1S
| 2D
| 2c
| 3P
| 4Rot
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ROX
| S_L
| S_P
| S_P
| NS_P
| S_P
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| 3P
| 7
| 5Ama
| S_OXPHOS_Rot_O2_mt
|
| {{Template:SUIT text D015}}
|-
| SUIT-009_O2_ce-pce_D016
| D016
| ce1
| 1Dig
| 1S
| 2D
| 2c
| 3P
| 4Rot
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ce_R
| ROX
| S_L
| S_P
| S_P
| NS_P
| S_P
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 3P
| 8
| 5Ama
| S_OXPHOS_Rot_O2_pce
|
| {{Template:SUIT text D016}}
|-
| SUIT-003_O2_ce-pce_D018
| D018
| ce1
| ce1P
| ce2Omy
| ce3U
| ce3Glc
| ce4Rot
| ce5S
| 1Dig
| 1c
| 2Ama
| 3AsTm
| 4Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
| 12
| ce_R
| ce_R
| ce_L
| ce_E
| ce_E
| ROX
| ceS_E
| S_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 10
| 2Ama
| CCP-ce_+Glc+viability+CIV
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D018}}
|-
| SUIT-003_O2_ce-pce_D020
| D020
| ce1
| ce1P
| ce2Omy
| ce3U
| ce4Rot
| ce5S
| 1Dig
| 1c
| 2Ama
| 3AsTm
| 4Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ce_R
| ce_R
| ce_L
| ce_E
| ROX
| ceS_E
| S_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 9
| 2Ama
| CCP-ce_+viability+CIV
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D020}}
|-
| SUIT-006_O2_mt_D022
| D022
| 1mt
| 1S(Rot)
| 2D
| 2c
| (3Omy)
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ROX
| S_L
| S_P
| S_P
|
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 4U
| 7
| 5Ama
| CCP-mtprep_Srot
| A: Coupling control protocol, mtprep
| {{Template:SUIT text D022}}
|-
| SUIT-011_O2_pfi_D024
| D024
| 1pfi
| 1GM
| 2D
| 2c
| 3S
| 4U
| 5Rot
| 6Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| NS_P
| NS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 4U
| 8
| 6Ama
| GM+S_OXPHOS+Rot_ET:pfi
| A: Maximum mitochondrial respiratory capacity (OXPHOS with NS substrates) and coupling/pathway control
| {{Template:SUIT text D024}}
|-
| SUIT-008_O2_ce-pce_D025
| D025
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
| 8AsTm
| 9Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
| 12
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| NS_P
| NS_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| 5U
| 10
| 7Ama
| PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET
| A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
| {{Template:SUIT text D025}}
|-
| SUIT-008_O2_mt_D026
| D026
| 1mt
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
| 8AsTm
| 9Azd
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| NS_P
| NS_E
| S_E
| ROX
| CIV
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
| {{Template:SUIT text D026}}
|-
| SUIT-012_O2_mt_D027
| D027
| 1mt
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 4U
| 7
| 5Ama
| PM+G_OXPHOS_mt
| A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
| {{Template:SUIT text D027}}
|-
| SUIT-003_O2_ce_D028
| D028
| ce1
| ce2Omy
| ce3U
| ce4Rot
| ce5S
| ce6Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ce_R
| ce_L
| ce_E
| ROX
| ceS_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 6
| ce6Ama
| CCP-ce_+S
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D028}}
|-
| SUIT-006_O2_ce-pce_D029
| D029
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3Omy
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_L
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 4U
| 8
| 5Ama
| CCP-mtprep_pce
| A: Coupling control protocol, mtprep
| {{Template:SUIT text D029}}
|-
| SUIT-007_O2_ce-pce_D030
| D030
| ce1
| 1Dig
| 1G
| 2D
| 2c
| 3M
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 4U
| 8
| 5Ama
| Glutamate anaplerosis
| A: Glutamate anaplerotic pathway
| {{Template:SUIT text D030}}
|-
| SUIT-020_O2_mt_D032
| D032
| 1mt
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5Rot
| 6Omy
| 7U
| 8Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 10
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| NS_P
| S_P
| S_L
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| 7U
| 10
| 8Ama
| PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
| {{Template:SUIT text D032}}
|-
| SUIT-021_O2_mt_D035
| D035
| 1mt
| 1GM
| 2D
| 2c
| 3S
| 4Rot
| 5Omy
| 6U
| 7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| NS_P
| S_P
| S_L
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| 6U
| 9
| 7Ama
| OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)
| A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
| {{Template:SUIT text D035}}
|-
| SUIT-003_O2_ce_D037
| D037
| ce1
| ce1Glc
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce4Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| ce_R
| ce_R
|
| ce_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 5
| ce4Ama
| CCP-ce_+Glc+(Omy)
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D037}}
|-
| SUIT-003_O2_ce_D038
| D038
| ce1
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce3Glc
| ce3'U
| ce4Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ce_R
|
| ce_E
| ce_E
| ce_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 6
| ce4Ama
| CCP-ce_+(Omy)+Glc
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D038}} 
|-
| SUIT-003_O2_ce_D039
| D039
| ce1
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce4Rot
| ce4Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| ce_R
|
| ce_E
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 4
| ce4Rot
| CCP-ce_+(Omy)
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D039}}
|-
| SUIT-014_O2_pfi_D042
| D042
| 1pfi
| 1GM
| 2D
| 2c
| 3P
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| NS_P
| NS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| GM+P+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| A: Cells or tissue types that display a preference for GM over PM to support NADH-linked respiration
| {{Template:SUIT text D042}}
|-
| SUIT-015_O2_pti_D043
| D043
| 1pti
| 1OctM
| 2D
| 3G
| 4P
| 5S
| 6U
| 7Rot
| 8Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FNS_P
| FNS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 6U
| 9
| 8Ama
| F+G+P+S_OXPHOS+Rot_ET
| A:  F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
| {{Template:SUIT text D043}} 
|-
| SUIT-016_O2_pfi_D044
| D044
| 1pfi
| 1OctM
| 2D
| 3G
| 4S
| 5Rot
| 6Omy
| 7U
| 7c
| 8Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 10
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| FN_P
| FNS_P
| S_P
| S_L
| S_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| 7U
| 10
| 8Ama
| F+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| A: F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
| {{Template:SUIT text D044}}
|-
| SUIT-019_O2_pfi_D045
| D045
| 1pfi
| 1PalM
| 2D
| 2c
| 3Oct
| 4P
| 5G
| 6U
| 7S
| 8Rot
| 9Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| F(N)_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FN_E
| FNS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| 7S
| 11
| 9Ama
| Pal+Oct+P+G_OXPHOS+S+Rot_ET
| A:
| {{Template:SUIT text D045}}
|-
| SUIT-017_O2_mt _D046
| D046
| 1mt
| 1OctM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| F(N)_P
| FN_P
| FNS_P
| FNS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| A:
| {{Template:SUIT text D046}} 
|-
| SUIT-006_O2_mt_D047
| D047
| 1mt
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3Omy
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_L
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| 4U
| 7
| 5Ama
| CCP-mtprep_PM
| A: Coupling control protocol, mtprep
| {{Template:SUIT text D047}} 
|-
| SUIT-017_O2_pfi_D049
| D049
| 1pfi
| 1OctM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4S
| 5U
| 6Rot
| 7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| ROX
| F(N)_L
| F(N)_P
| F(N)_P
| FN_P
| FNS_P
| FNS_E
| S_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| 5U
| 9
| 7Ama
| F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| A:
| {{Template:SUIT text D049}} 
|-
| SUIT-003_O2_ce_D050
| D050
| ce1
| ce1Snv
| ce2Omy
| ce3U
| ce4Rot
| ce5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ce_R
| ce_R
|
| ce_E
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 6
| ce5Ama
| CCP-ce_+Snv+(Omy)
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D050}} 
|-
| SUIT-022 O2 ce D051
| D051
| ce1
| ce2KCN
| ce3SHAM
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce_R
| ce_R
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3SHAM
| 3
| ce3SHAM
| AOX (ce CN+SHAM)
| A: Determination of the respiration due to the alternative oxidase pathway
| {{Template:SUIT text D051}}
|-
| SUIT-012_O2_ce-pce_D052
| D052
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2D
| 2c
| 3G
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_P
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| 5Ama
| 7
| 4U
| PM+G_OXPHOS_pce
| A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
| {{Template:SUIT text D052}} 
|-
| SUIT-023 O2 ce D053
| D053
| ce1
| ce2SHAM
| ce3KCN
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce_R
| ce_R
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3KCN
| 3
| ce3KCN
| AOX-ce SHAM+CN
| A: Determination of respiration through the CIII-CIV pathway
| {{Template:SUIT text D053}} 
|-
| SUIT-018_O2_mt_D054
| D054
| 1mt
| 1GMS
| 2D
| 3Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ROX
| NS_L
| NS_P
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| 2D
| 4
| 3Ama
| O2_GMS_mt4
|
| {{Template:SUIT text D054}}
|-
| SUIT-006_MgG_mt_D055
| D055
| 1mt
| 1PM
| 2D
| 3Cat
| 4U
| 5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ROX
| N_L
| N_P
| N_L
| N_E
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| 4U
| 6
| 5Ama
|
|
| {{Template:SUIT text D055}}
|-
| SUIT-024_O2_ce-pce_D056
| D056
| ce1
| 1Dig
| 1PM
| 2T
| 2D
| 3Omy
| 4Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ce_R
| ROX
| N_L
| N_P
| N_P
| N_L
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5
| 2D
| 7
| 4Ama
| ATPase (PM)
| A: Determination of the presence of ATPases in mitochondrial preparations.
| {{Template:SUIT text D055}}
|-
| SUIT-025_O2_mt_D057
| D057
| 1mt
| 1D
| 2M.1
| 3Oct
| 3c
| 4M2
| 5P
| 6G
| 7S
| 8Rot
| 9Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 11
| ROX
| ROX
| non F(N)_P
| F(N)_P
| F(N)_P
| F(N)_P
| FN_P
| FN_P
| FNS_P
| S_P
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9
| 7S
| 11
| 9Ama
| OXPHOS (F+M+P+G+S+Rot)
|
| {{Template:SUIT text D057}} 
|-
| SUIT-003_O2_ce_D060
| D060
| ce1
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce4Rot
| ce5Snv
| ce6Mnanv
| ce7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ce_R
|
| ceP_E
| ROX
| ceS_E
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 7
| ce7Ama
| CCP-ce_+(Omy)+Snv+Mnanv
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D060}} 
|-
| SUIT-003_O2_ce_D061
| D061
| ce1
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce4Rot
| ce5DMSO
| ce6DMSO
| ce7Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7
| ce_R
|
| ceP_E
| ROX
| ROX
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 3
| ce3U
| 7
| ce7Ama
| CCP-ce_+(Omy)+DMSO+DMSO
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D061}}
|-
| SUIT-003_O2_ce_D062
| D062
| ce1
| ce1DMSO
| (ce2Omy)
| ce3U
| ce4Rot
| ce5Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ce_R
| ce_R
|
| ce_E
| ROX
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| ce3U
| 6
| ce5Ama
| CCP-ce_+DMSO+(Omy)
| A: Coupling control protocol, living cells »MiPNet08.09 CellRespiration Bioblast pdf
| {{Template:SUIT text D062}}
|-
| SUIT-026_O2_mt_D063
| D063
| 1mt
| 1S
| 2Rot
| 3D
| 3c
| 4Ama
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 6
| ROX
| S_L
| S_L
| S_P
| S_P
| ROX
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 4
| 3D
| 6
| 4Ama
| S+Rot_OXPHOS
|
| {{Template:SUIT text D063}}
|-
| SUIT-027_O2_ce-pce_D065
| D065
| ce1
| 1Dig
| 1M.05
| 2D
| 3M
| 3M´
| 4P
| 5G
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| ce_R
| ROX
|
|
| (N)_P
| (N)_P
| N_P
| N_P
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8
| 5G
| 2
| 1Dig
| Malate anaplerosis
| A: Malate anaplerotic pathway
| {{Template:SUIT text D065}}
|}
===Protocol Marks===
{| class="wikitable"
! style="font-size:10px;" | Protocol name
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | DLP#
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 1
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 2
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 3
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 4
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 5
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 6
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 7
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 8
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 9
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 10
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 11
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 12
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 13
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 14
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 15
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 16
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 17
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 18
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 19
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 20
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | # of steps
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | SUIT-001_O2_ce-pce_D003
| style="font-size:10px;" | D003
| style="font-size:10px;" | ce1
| style="font-size:10px;" | 1Dig
| style="font-size:10px;" | 1PM
| style="font-size:10px;" | 2D
| style="font-size:10px;" | 2c
| style="font-size:10px;" | 3U
| style="font-size:10px;" | 4G
| style="font-size:10px;" | 5S
| style="font-size:10px;" | 6Oct
| style="font-size:10px;" | 7Rot
| style="font-size:10px;" | 8Gp
| style="font-size:10px;" | 9Ama
| style="font-size:10px;" | 10AsTm
| style="font-size:10px;" | 11Azd
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" | 14
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | SUIT-001_O2_PBMC-PLT_D004
| style="font-size:10px;" | D004
| style="font-size:10px;" | ce1
| style="font-size:10px;" | 1Dig
| style="font-size:10px;" | 1PM
| style="font-size:10px;" | 2D
| style="font-size:10px;" | 2c
| style="font-size:10px;" | 3U
| style="font-size:10px;" | 4G
| style="font-size:10px;" | 5S
| style="font-size:10px;" | (6Oct)
| style="font-size:10px;" | 7Rot
| style="font-size:10px;" | 8Gp
| style="font-size:10px;" | 9Ama
| style="font-size:10px;" | 10AsTm
| style="font-size:10px;" | 11Azd
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
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===Respiratory states===
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===Short names and notes===
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| style="font-size:10px;" | A: when malate-anaplerotic activity is zero
|-
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| style="font-size:10px;" | CCP-mtprep_pce
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control protocol, mtprep
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| style="font-size:10px;" | CCP-mtprep_Srot
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control protocol, mtprep
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| style="font-size:10px;" | CCP-mtprep_PM
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control protocol, mtprep
|-
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| style="font-size:10px;" | Glutamate anaplerosis
| style="font-size:10px;" | A: Glutamate anaplerotic pathway
|-
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| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
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| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
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| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
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| style="font-size:10px;" | S_OXPHOS_Rot_O2_pce
| style="font-size:10px;" |
|-
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| style="font-size:10px;" | S_OXPHOS_Rot_O2_mt
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D008
| style="font-size:10px;" | Digitonin test
| style="font-size:10px;" | A: Optimization of digitonin concentration for pce
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D024
| style="font-size:10px;" | GM+S_OXPHOS+Rot_ET:pfi
| style="font-size:10px;" | A: Maximum mitochondrial respiratory capacity (OXPHOS with NS substrates) and coupling/pathway control
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D052
| style="font-size:10px;" | PM+G_OXPHOS_pce
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D027
| style="font-size:10px;" | PM+G_OXPHOS_mt
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D042
| style="font-size:10px;" | GM+P+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A: Cells or tissue types that display a preference for GM over PM to support NADH-linked respiration
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D043
| style="font-size:10px;" | F+G+P+S_OXPHOS+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A:  F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D044
| style="font-size:10px;" | F+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| style="font-size:10px;" | A: F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D046
| style="font-size:10px;" | F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| style="font-size:10px;" | A:
|-
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| style="font-size:10px;" | F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A:
|-
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| style="font-size:10px;" | O2_GMS_mt4
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D045
| style="font-size:10px;" | Pal+Oct+P+G_OXPHOS+S+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A:
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D032
| style="font-size:10px;" | PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| style="font-size:10px;" | A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D035
| style="font-size:10px;" | OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)
| style="font-size:10px;" | A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D051
| style="font-size:10px;" | AOX (ce CN+SHAM)
| style="font-size:10px;" | A: Determination of the respiration due to the alternative oxidase pathway
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D053
| style="font-size:10px;" | AOX-ce SHAM+CN
| style="font-size:10px;" | A: Determination of respiration through the CIII-CIV pathway
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D056
| style="font-size:10px;" | ATPase (PM)
| style="font-size:10px;" | A: Determination of the presence of ATPases in mitochondrial preparations.
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D057
| style="font-size:10px;" | OXPHOS (F+M+P+G+S+Rot)
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D063
| style="font-size:10px;" | S+Rot_OXPHOS
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D065
| style="font-size:10px;" | Malate anaplerosis
| style="font-size:10px;" | A: Malate anaplerotic pathway
|}
===Reference States===
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! style="font-size:10px;" | DLP#
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Reference st.
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! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Baseline st.
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Mark
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|-
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|-
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| style="font-size:10px;" | 6
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|-
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|-
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Latest revision as of 17:21, 21 May 2024

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