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Tag: Blanking
 
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This page was created to provide a list and details about DatLab protocols for analysis of mitochondrial respiration.
===Protocol Marks===
{| class="wikitable"
! style="font-size:10px;" | Protocol name
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! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 1
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 2
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 3
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 4
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 5
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 6
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 7
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 8
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 9
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 10
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 11
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 12
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 13
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! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Step 20
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | # of steps
|-
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| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" |
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| style="font-size:10px;" |
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|-
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| style="font-size:10px;" | D004
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|-
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|-
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| style="font-size:10px;" | 3Oct
| style="font-size:10px;" | 3c
| style="font-size:10px;" | 4M2
| style="font-size:10px;" | 5P
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|-
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| style="font-size:10px;" | ce2Omy
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|-
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| style="font-size:10px;" | D060
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|-
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| style="font-size:10px;" | D061
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| style="font-size:10px;" |
| style="font-size:10px;" | 7
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| style="font-size:10px;" | D062
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| style="font-size:10px;" | 6
|-
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| style="font-size:10px;" | D013
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===Respiratory states===
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===Short names and notes===
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| style="font-size:10px;" | CCP-mtprep_PM
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control protocol, mtprep
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D030
| style="font-size:10px;" | Glutamate anaplerosis
| style="font-size:10px;" | A: Glutamate anaplerotic pathway
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D025
| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D026
| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D014
| style="font-size:10px;" | PM+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A: Additivity between the N- and  S-pathway in the Q-junction
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D016
| style="font-size:10px;" | S_OXPHOS_Rot_O2_pce
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D015
| style="font-size:10px;" | S_OXPHOS_Rot_O2_mt
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D008
| style="font-size:10px;" | Digitonin test
| style="font-size:10px;" | A: Optimization of digitonin concentration for pce
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D024
| style="font-size:10px;" | GM+S_OXPHOS+Rot_ET:pfi
| style="font-size:10px;" | A: Maximum mitochondrial respiratory capacity (OXPHOS with NS substrates) and coupling/pathway control
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D052
| style="font-size:10px;" | PM+G_OXPHOS_pce
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D027
| style="font-size:10px;" | PM+G_OXPHOS_mt
| style="font-size:10px;" | A: Coupling control (L- P- E) with NADH-linked substrates (PM and PGM)
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D042
| style="font-size:10px;" | GM+P+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A: Cells or tissue types that display a preference for GM over PM to support NADH-linked respiration
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D043
| style="font-size:10px;" | F+G+P+S_OXPHOS+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A:  F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D044
| style="font-size:10px;" | F+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| style="font-size:10px;" | A: F-pathway in LEAK state and OXPHOS state
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D046
| style="font-size:10px;" | F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_mt
| style="font-size:10px;" | A:
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D049
| style="font-size:10px;" | F+G+S_OXPHOS+Rot_ET_pfi
| style="font-size:10px;" | A:
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D054
| style="font-size:10px;" | O2_GMS_mt4
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D045
| style="font-size:10px;" | Pal+Oct+P+G_OXPHOS+S+Rot_ET
| style="font-size:10px;" | A:
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D032
| style="font-size:10px;" | PM+G+S+Rot_OXPHOS+Omy
| style="font-size:10px;" | A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D035
| style="font-size:10px;" | OXPHOS (GM+S+Rot+Omy)
| style="font-size:10px;" | A: simultaneous determination of O2 flux and mt-membrane potential
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D051
| style="font-size:10px;" | AOX (ce CN+SHAM)
| style="font-size:10px;" | A: Determination of the respiration due to the alternative oxidase pathway
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D053
| style="font-size:10px;" | AOX-ce SHAM+CN
| style="font-size:10px;" | A: Determination of respiration through the CIII-CIV pathway
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D056
| style="font-size:10px;" | ATPase (PM)
| style="font-size:10px;" | A: Determination of the presence of ATPases in mitochondrial preparations.
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D057
| style="font-size:10px;" | OXPHOS (F+M+P+G+S+Rot)
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D063
| style="font-size:10px;" | S+Rot_OXPHOS
| style="font-size:10px;" |
|-
| style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | D065
| style="font-size:10px;" | Malate anaplerosis
| style="font-size:10px;" | A: Malate anaplerotic pathway
|}
===Reference States===
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! style="font-size:10px;" | DLP#
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Reference st.
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Mark
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Baseline st.
! style="font-size:10px; background-color:#efefef; color:#333333;" | Mark
|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|-
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|}

Latest revision as of 17:21, 21 May 2024

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